菌落計數法是種統計物品含菌數的有效方法。方法如下：將待測樣品經適當稀釋之后，其中的微生物充分分散成單個細胞，取一定量的稀釋樣液涂布到平板上，經過培養，由每個單細胞生長繁殖而形成肉眼可見的菌落，即一個單菌落應代表原樣品中的一個單細胞，根據其稀釋倍數和取樣接種量即可換算出樣品中的含菌數。
全自動菌落分析儀采用全封閉暗箱，隔絕環境光的干擾，*消除雜散光在玻璃培養皿折射形成的光斑、光環現象，為菌落計數提供了*的光影條件。
可見光采用3色LED模擬自然光，上光源具有環繞360度無影照射功能，為菌落成像提供*、立體、清晰的成像效果。下光源采用懸浮式暗視野裝置，該裝置將培養皿置于空間懸浮狀態，利用光的折射和反射，形成菌落的空間立體影像，從而實現對微小菌落的透視和高清晰觀察。
快速菌落統計：
1.單一顏色快速統計：對單色菌落、多色菌落、小菌落、大菌落、顏色菌落和蔓延菌進行快速統計。
2.多色菌自動疊加計數：用取色筆對目標菌落顏色提取，即可自動分割出所選區域內所有相同顏色菌落，該算法適用于顏色菌落的快速統計。
3.微小菌統計：適應于微小菌落的統計。
4.特大菌統計：區域內大菌落的快速統計，該算法偏重于大菌落統計。
5.與背景色相似菌統計：區域內菌落與培養皿背景顏色相似時，采用背景色相似菌統計。
黏連菌統計：適用于背景顏色單一、菌落顏色不*且邊緣模糊的菌落快速統計。
6.分散菌統計：對邊緣清晰，分散的菌落進行快速統計。
7.網格濾膜：包括3M紙片菌落統計、濾膜紙片菌落統計、實線紙片菌落統計。
8.顯示菌落統計結果，包括菌落總數、菌落形態、分類統計。菌落形態包括每個菌落的編號、位置、等效直徑、周長、面積、圓度、短徑和長徑。分類統計根據菌落的直徑把菌落分成25個類別，用戶可以直觀地查看每個類別的菌落總數。
全自動菌落分析儀數據安全與管理
1) 多用戶登錄系統，每個賬戶形成獨立數據，數據長期保存
2) 統計結果以PDF格式輸出，原始數據不可更改
3) 具備審計追蹤功能，操作人員在軟件上的每一步操作軟件自動記錄，以便后續結果數據的追溯
4) 與CFR 21 第11部分兼容：系統安全，操作控制，文件管理
