菌落總數就是指在一定條件下（如需氧情況、營養條件、pH、培養溫度和時間等）每克（每毫升）檢樣所生長出來的細菌菌落總數。菌落總數的測定主要是作為判定食品被細菌污染程度的標志，也可以應用這一方法觀察食品中細菌的性質以及細菌在食品中繁殖的動態，以便對被檢樣品進行衛生學評價時提供科學依據。目前，菌落計數一般采用的是平板菌落計數法，是種統計物品含菌數的有效方法。
在常規的微生物學實驗中，不管是食品衛生細菌學檢測，還是藥品微生物限度檢查，還是研究活性物質的抑菌性能實驗，都常常需要對樣品中的微生物進行定量或者濃度計算；眾多微生物定量方法中常用的就是對培養后的皮氏培養皿上所生長菌落進行總數統計的菌落總數統計定量方法。
全自動菌落計數系統由圖像采集系統和菌落統計分析軟件構成，具有菌落統計、典型菌篩選、菌株特征檢測與描述等功能，適用于生物醫藥、檢驗檢疫、疾病控制、質量監督、環境監測、食品衛生，以及大專院校、研究院所等領域中的微生物菌落分析和科學研究。
快速菌落統計：
1.單一顏色快速統計：對單色菌落、多色菌落、小菌落、大菌落、顏色菌落和蔓延菌進行快速統計。
2.微小菌統計：適應于微小菌落的統計。
3.特大菌統計：區域內大菌落的快速統計，該算法偏重于大菌落統計。
4.與背景色相似菌統計：區域內菌落與培養皿背景顏色相似時，采用背景色相似菌統計。
5.黏連菌統計：適用于背景顏色單一、菌落顏色不*且邊緣模糊的菌落快速統計。
6.分散菌統計：對邊緣清晰，分散的菌落進行快速統計。
