菌落計數是微生物實驗中普遍的實驗之一，是統計物品含菌數的有效方法，廣泛用于食品、飲料、藥品、生物制品、化妝品、衛生用品、飲用水、生活污水、工業廢水、臨床標本中細菌數的檢驗。
菌落計數器/分析儀是一種幫助實驗人員對菌落進行計數的儀器，可以減輕實驗人員的勞動強度，提高工效，提高工作質量。
對于精確度要求不高的用戶，可以考慮手動的或者半自動的菌落計數器。
對于要求較高的預算充足的用戶而言，具有全自動技術功能且帶有菌落分析、測量、分類等的全自動菌落計數/分析儀更能符合他們的需求。
全自動菌落計數選型
①成像硬件的選型
成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。現今的成像硬件有拍照成像的、掃描成像的。由攝像頭拍照成像的優點是：成像速度快，能確保在0.5秒內獲得菌落圖像。由單反相機、卡片機拍照成像的優點是：能自動對焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。然而，拍照成像的致命弱點是：成像環境中的光線強度，無論是暗視野，還是背光，想要做到圖像中心與邊緣保持*一致，相對來說比較困難。從而引起平皿上亮度的不一致。針對環境光干擾成像方面，通過對儀器照明系統進行精密的設計，上下光源采用了寬光帶的LED柔光系統，并結合“懸浮式暗視野”成像系統，不僅能夠消除玻璃培養皿的折射光斑，而且通過改變光比，使得菌落表面的皺折、凹陷、邊緣的鋸齒更富立體感。掃描成像與在燈箱中營造均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，光線強度相對比較均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個數量級，從成像硬件的上解決了菌落目標的亮度不勻問題，但掃描只是平面的效果，不能展現培養基表層和深層的細微菌落，且不能展現菌落顏色等多方面的情況，對于觀察分析而言構成了一定難度。隨著科技發展，高清晰的CMOS、CCD的涌現加上高清晰的鏡頭，對菌落色彩的還原性、清晰度等都很高，能夠解決某些復雜菌落計數問題。對于這類的產品越來越受到科研單位、檢測部門、大專院校等的喜愛。
②分析軟件的選型
分析軟件是全自動菌落計數儀的另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮：對于各類成像干擾的自動排出能力。比如：是否能自動矯正背景，等等。另外，對于嚴重粘連在一起的團裝、鏈狀分布菌落，將其自動分割開來的水平，也是評價分析軟件的考量指標。尤其是：對于同類菌落的“一鍵”化的智能分類計數能力，以及對于菌落計數分類的自動識別學習能力，更是評價分析軟件的關鍵考量指標。現在比較好的分析軟件，具有圖像處理、圖像編輯、統計功能、測量功能、數據庫管理、以及對抗生素效價分析、藥敏分析功能、多培養皿統計、螺旋平皿統計等一系列功能。
